西安市疾病预防控制中心现设8个行政科室（中心办、政工科、人保科、财务科、科教信息科、药械科、物业项目办、综合治理办公室），17个业务科室（传染病控制科、计划免疫科、性病艾滋病防制科、慢性非传染性疾病控制科、结核病防治科、地方病防治科、卫生监测科、职业卫生科、放射卫生科、学校卫生科、消毒与病媒生物防制科、微生物检验科、病毒科、理化检验科、质量控制科、预防医学诊疗服务门诊、应急办公室）。
西安市疾病预防控制中心承担着西安市传染病、慢性非传染病等疾病预防与控制，学校卫生和学生常见病防治、消毒与病媒生物防制、食品、化妆品、生活饮用水、卫生用品等与百姓健康密切相关的生活用品的卫生检测评价及毒理学测试，职业危害因素监测和职业病防治

西安市疾病预防控制中心现设8个行政科室（中心办、政工科、人保科、财务科、科教信息科、药械科、物业项目办、综合治理办公室），17个业务科室（传染病控制科、计划免疫科、性病艾滋病防制科、慢性非传染性疾病控制科、结核病防治科、地方病防治科、卫生监测科、职业卫生科、放射卫生科、学校卫生科、消毒与病媒生物防制科、微生物检验科、病毒科、理化检验科、质量控制科、预防医学诊疗服务门诊、应急办公室）。
西安市疾病预防控制中心承担着西安市传染病、慢性非传染病等疾病预防与控制，学校卫生和学生常见病防治、消毒与病媒生物防制、食品、化妆品、生活饮用水、卫生用品等与百姓健康密切相关的生活用品的卫生检测评价及毒理学测试，职业危害因素监测和职业病防治，射线危害监测和防护，建设项目预防性卫生学评价等预防医学领域各项工作以及国内外重大活动的公共卫生保障工作。 西安市疾病预防控制中心成立以来来，中心全体职工在中心领导的带领下，不畏艰险、开拓进取、无私奉献、恪尽职守、努力工作，使艾滋病、结核病、出血热等重大传染病防治工作取得了新的进展，非典、人禽流感长效防控机制进一步完善；为了实施中心的可持续性发展，实现“科教研一体发展战略”，我中心先后和西安医学院、西安市卫校合作，成为“西安医学院预防医学教学基地”、“西安市卫生学校检验教学基地”，被西安市卫生局授予“公共卫生与预防医学继续教育基地”。中心注重内涵，全面完成疾病预防控制体系的建设，先后通过了陕西省计量认证和中国实验室认可委的国家实验室认可，242项目通过认可，实验结果得到国际互认，成为全省卫生系统首家进行认可的单位。